近期，在《GENETICS IN MEDICINE》上發表了題為“Clinical validity assessment of genes frequently tested on intellectual disability/autism sequencing panels”的文章，使用臨床基因組資源基因-疾病有效性治療框架，智力障礙/自閉癥基因治療專家組（GCEP）將包含在臨床智力障礙（ID）/自閉癥譜系障礙（ASD）基因組合檢測中的常見基因分類為明確、強、中等、有限、有爭議、反駁或無已知疾病關系，中等分類的基因被認為適合納入基因檢測，故133/155個基因可考慮在臨床檢測中應用。
目的
神經發育障礙（NDDs）是影響大腦正常發育和日常功能的一系列疾病表現，通常可歸因于遺傳病因學。NDDs可能包括但不限于全面發育遲緩、智力障礙（ID）、自閉癥譜系障礙（ASD）和癲癇，包括或不包括其他特征，如畸形特征或其他先天性異常。其表現出遺傳和表型異質性，使得它們在沒有分子診斷的情況下難以區分。臨床基因組資源智力障礙/自閉癥基因治療專家組（GCEP）使用系統治療來區分適合臨床檢測的ID/ASD基因（即有大量證據支持基因與疾病的關系）和不適合臨床檢測的ID/ASD基因。
方法 使用臨床基因組資源基因-疾病有效性治療框架，智力障礙/自閉癥GCEP將包含在臨床ID/ASD基因組合檢測中的常見基因分類為明確、強、中等、有限、有爭議、反駁或無已知疾病關系。
結果
截至2021年9月，已經評估了155個基因-疾病對（表1）。其中116個（75%）使用ClinGen基因-疾病有效性框架被分類為明確，17個（11%）被分類為有中等證據支持其在疾病中的致病作用。雖然，大多數（75%）被確定在NDDs中起決定性作用，但評估的22個（14%）基因的證據有限或有爭議。由于評估已確認變異影響的能力有限，目前不建議在臨床檢測中使用此類基因。
表1. 截至2021年9月由ClinGen 智力障礙/自閉癥GCEP按分類評估的基因 注：ClinGen，臨床基因組資源；GCEP，基因治療專家組。
結論
對基因-疾病關系的理解會隨著時間的推移而不斷發展；新的關系被發現，以前的結論可能會受到質疑。如果不定期復查，不準確的基因-疾病聲明可能會永久存在。智力障礙/自閉癥GCEP將繼續評估這些聲明，以改善NDDs的診斷和臨床護理。
參考文獻 Riggs ER, Bingaman TI, Barry CA, et al. Clinical validity assessment of genes frequently tested on intellectual disability/autism sequencing panels. Genet Med. 2022 May 25: S1098-3600(22)00756-0.
更多基因檢測內容，詳見 《ACMG指南更新（ACMG SF v3.1）——臨床外顯子組和基因組測序的次要發現列表更新》 《ClinGen、CGC和VICC的聯合推薦：癌癥中體細胞變異致病性分類標準》
